Эволюция, как известно, не стоит на месте. Мир развивается, появляются новые формы живых организмов, более приспособленных к жизни в ухудшающейся среде и вытесняют более слабых. Люди тоже живые существа. Они тоже меняются. Это всем известный феномен Индиго. Мы боимся того, чего не понимаем, ибо видим в этом угрозу для себя и своего существования. Так что с ней делать? Уничтожить? Общество возмутится: «Это не гуманно! Это не выход! Это же наши дети!» Что ж, остаётся их лишь изолировать и изучить.  Что и сделало правительство Японии. На одном из отдалённых островов был построен так называемый колледж-пансионат, в который стали свозить всех обнаруженных детей-индиго. Феномен их развития заключался в том, что организм вырабатывал аномальные духовные энергии, обладающие невероятными как разрушительными, так и созидательными способностями. Некоторые дети могли одним взмахом руки убить целую толпу людей и разнести улицу, а некоторые – вылечить от самых тяжких болезней и недугов, и даже воскресить, вернуть человека с того света. Симбиозы с растениями и животными также не были редкостью. Эти энергии учёные назвали чакрой.
Одним из основателей и создателей этого пансионата является известный на всю Японию богатей и магнат Орочимару. Он сам индиго, обладающий «даром бессмертия». Он может жить вечно, но для этого ему каждые четыре года необходимо переселяться в новое тело своего «собрата по чакре». А этот пансионат является для него своеобразным инкубатором для выращивания новых тел. За ним, словно тень, неотступно следует верный ученик и соратник Кабуто, медик и учёный, знающий практически всё об индиго. Ещё одним из создателей пансионата и теневым спонсором является Мадара Учиха. Или скорее всего являлся. В базе данных Токио он числился как особо опасный преступник и был «уничтожен» отрядом спецназа. Ну как вы поняли, он разрешил им поверить, что они его убили, а сам скрылся на острове под именем Тоби. Ни Орочимару, ни Кабуто этого не знают. Лишь честолюбец Нагато, представляющийся Пейном, его подруга Конан и родственник Итачи знают правду. Они хотят убрать Орочимару и создать из пансионата настоящий военный лагерь, чтоб отомстить прежним гонителям в лице обычных людей и правительства, а заодно захватить всю Японию. А там и до мира недалеко. Но среди них есть шпион – это Итачи. Он работает на то самое правительство. В лагерь он попал три года назад, оставив в детдоме своего единственного брата и родственника Саске, за что последний очень разозлился, получив заодно моральную травму – Итачи сказал ему, что двое индиго не уживутся в одной семье. Но жизнь штука забавная, а порой весьма жестокая. Саске тоже попадает в этот пансионат… а вместе с ним ещё целая куча «новобранцев». Прежние ученики встречают «эту мелочь» не весьма дружелюбно и между двумя группами вспыхивает вражда. Старшие ученики называют  себя «Акацками» и уверенны, что они есть будущее этого мира. Они сильны и жестоки, и новеньких и в грош не ставят. Вместе с новыми учениками на остров прибывают новые учителя Цунаде с помощницей Шизуне и Джирайя. Как выясняется, они старые знакомые Орочимару и не очень-то с ним в ладах…
Злой Змей плетёт свои сети и интриги, Акацки строят планы по завоеванию мира, а новые ученики пытаются обжиться на новом месте и хоть как-то привыкнуть друг к другу – ведь они даже не знакомы!
Любовь, ненависть, дружба, тайны прошлого, непонятное будущее и борьба за свою жизнь ждут наших героев в этом загадочном месте…